本施設は全国共同利用施設として、地下空間を提供する形で共同利用・共同研究を行っております。

　2014年10月現在、本施設を利用している主な共同利用・共同研究は、スーパーカミオカンデ実験、XMASS実験、重力波グループCLIO実験、NEWAGE実験、CANDLES実験です。

　共同利用研究の公募は毎年、宇宙線研究所が行っています。